По стъпките на Дарвин морският биолог д-р Керъл Болдуин и екип от Института Смитсониън се отправят на първата си експедиция на архипелага Галапагос – група от 19 вулканични острова, разположени около екватора, на около 1000 км западно от Еквадор. Пътувайки през Тихия океан, те достигат изолиран в продължение на милиони години свят, достижим само по въздух и вода; свят, който крие тайни и чудеса и превръща експедицията в приключение и лично преживяване. Гледката наподобява луннен пейзаж – черните скали от застинала лава са в ярък контраст със зеленината на растителността. Гигантските галапагоските костенурки, морските игуани, необикновените птици, проявяват по-скоро любопитство към човешкото присъствие, отколкото страх. Морските лъвове весело подскачат в обособилите се след прилива малки басейни, заградени от скали и предпазени от открития океан, където в дълбочините плува пасаж от акули чук. Група от любознателни морени, изплуват от техните укрития, заинтригувани от чуждото присъствие, оглеждат посетителя и разтварят уста. Слизайки към дълбините на океана в ултра модерната подводница, вниманието на учените привличат светещи морски краставици, ярко украсени ракообразни, и други твари, невиждани досега от друг. Галапагос 3D представя на големия екран емоциите и вълненията на експедицията, придавайки им изключителен реализъм, благодарение на IMAX 3D технологията. За първи път зрителите могат да съпреживеят подобно приключение с екипа на Смитсониан, и заедно с тях да разкрият загадките около зараждането на живота на нашата планета.