Всичко, което започва, някога свършва. В напрегнатия завършек на Матрицата Презареждане, Нео лежи в състояние на кома на борда на бунтовнически вседеход, след като е изразходвал силите си, за да унищожи няколко атакуващи сентинели – необяснимо постижение, доказващо, че той не е бил свързан с Матрицата по време на смъртоносната конфронтация. В Революции, Нeo научявя истината за своята сила и защо е способен да я използва и в реалния свят. За Рийвс, Нео е също “гръмоотвод, изследовател и свидетел. По време на своя поход Нео придобива способността да служи като проводник на много мощен енергиен източник, откъдето идват неговите изключителни сили”. Докато силите на Нео се увеличават значително, същото става и със силите на алчния агент Смит – до точката, в която той се превръща в по-голяма заплаха за света на машините, който го е създал, от гражданите на Зион, които се борят срещу Армията на машините за оцеляването си. Нео разбира това и за да попречи на Смит да разруши напълно както Зион, така и света на машините, трябва да стигне по-далеч, отколкото си е представял. “Това е последното неизвестно, последният въпрос, който още не е получил отговор в неговото пътуване”, казва Рийвс. “Той трябва да стигне до края на пътешествието си, където и да води то, каквото и да му струва това. Затова обичам Нео. Той иска мир и е готов да направи всичко, за да го постигне”. Докато Нео следва пътя си към окончателната развръзка, загубилият илюзиите си Морфей продължава да вярва, че бившият му ученик ще успее да сложи край на войната, независимо от потресаващото разкритие на Архитекта в Презареждане, че пророчеството на Оракула може просто да е още една от системите за контрол в Света на машините. Не по-малко страстно вярваща в Нео, Тринити е вдъхновена от тяхната дълбока обвързаност и продължава да следва своя път. Получила втори шанс за живот в края на Презареждане, Тринити доверява съдбата си в ръцете на Нео, когато избира да го придружи в Града на машините. Друг важен член на зионската съпротива също избира да подкрепи Нео – но подкрепата на Ниобе е в резултат от трудната вътрешна борба, започнала в Презареждане- когато тя няма вяра; не се доверява на никого, освен на себе си. Егото й е огромно и тя е изключително арогантна. В течение на историята, вярата й в Нео и Морфей нараства, и тя започва да се предава пред концепцията, че има нещо отвъд интелекта, отвъд логиката, отвъд нея. Макар Ниобе да не вярва в пророчеството на Оракула, тя предлага кораба си на Нео, когато той взима решението да тръгне към Града на машините в търсене на мир. Доверили се един на друг в ситуация на живот и смърт, Ниобе и Морфей разбират, че в тяхната връзка има нещо дълбоко. С отношенията между Нео и Тринити от една страна и Морфей и Ниобе от друга, докато светът върви към катастрофа, има много красота и романтика. Апетитът за разрушение на агент Смит нараства все повече, едновременно с увеличението на силите му. По начало Смит е герой, абсолютно непреклонен в намерението си да изпълни възложените му задачи. По време на приключението, той за първи път усеща човешки чувства. Започва да изпитва гняв и ревност. Това му помага да разбира по-добре хората. Той мрази това. За него това е слабост. В Презареждане чувствата му стават още по-силни и той започва да ги цени. Егото му също нараства и той буквално се освобождава. В Революции, егото му направо се развилнява – той се развива в желанието си да се освободи от Матрицата и се опитва да завладее света... Тъй като егото и мощта на Смит заплашват да превземат и реалния свят и света на машините, Оракулът избира да помогне на Нео – едно решение, което ще й струва много. Формата на Оракула (или “обвивката”) е била унищожена от отмъстителния Меровингий, затова тя взима нова форма в Революции.